संस्थान मुख्यालय बैरकपुर में अत्याधुनिक संरचना और सुविधाएं हैं।दिए गए अधिदेश के तहत अन्तर्स्थलीय खुले पानी के विभिन्न पहलुओं में उन्नत अनुसंधान करने के लिए क्षेत्रीय केंद्र, इलाहाबाद, गुवाहाटी, बैंगलोर और इसके अन्य केंद्रों और स्टेशनों पर पर्याप्त सुविधाएं उपलब्ध हैं। उपलब्ध सुविधाओं के आधार पर, भाकृअनुप-केन्द्रीय अन्तर्स्थलीय मात्स्यिकी अनुसंधान संस्थान की पहचान भाकृअनुप के कृषि अनुसंधान सूचना प्रणाली के पूर्वी क्षेत्रीय केंद्र के रूप में की गई है। मुख्यालय बैरकपुर के पुस्तकालय में 20 से अधिक अंतरराष्ट्रीय और 60 राष्ट्रीय पत्रिकायों की सदस्यता ली गई हैं, मत्स्य पालन और संबद्ध विज्ञान से संबंधित 106 ई-पत्रिकाओं की सदस्यता भी ग्रहण की गई है। वर्तमान में, पुस्तकालय में 9849 पुस्तकें, 4278 पुनर्मुद्रण, 1252 मानचित्र और 4222 विविध प्रकाशन हैं। सभी प्रकाशन डिजीटल हैं और इनमें से अधिकांश ऑनलाइन मोड में उपलब्ध हैं।
संस्थान में जल और मृदा रसायन विज्ञान, मत्स्य पालन/मछली जीव विज्ञान, लिम्नोलॉजी, सूक्ष्म जीव विज्ञान, जैव रसायन/पोषण, आनुवंशिकी/जैव प्रौद्योगिकी, जैव विविधता, मछलीघर और हैचरी, जीआईएस और कंप्यूटर अनुप्रयोग और एक मछली फ़ीड मिल के लिए अत्याधुनिक प्रयोगशालाएं हैं। प्रयोगशालाओं में पार्टिकल विश्लेषक, एचपीएलसी, जीएलसी, जीसीएमएस, रीयल टाइम पीसीआर, स्पेक्ट्रोफोटोमीटर, एएएस, बायोलॉग सिस्टम, माइक्रोवेव डाइजेस्टर, पोर्टेबल पानी की गुणवत्ता जांच, जीआईएस सुविधाएं इत्यादि जैसे आधुनिक उपकरण हैं। संस्थान में 30 व्यक्तियों के लिए सुसज्जित सम्मेलन कक्ष, 60 व्यक्तियों के लिए अत्याधुनिक बैठक कक्ष और 120 व्यक्तियों के बैठने के लिए अत्याधुनिक सभागार है। संस्थान में प्रशिक्षुयों के लिए छात्रावास की सुविधा उपलब्ध है जिसमें 35 व्यक्तियों को समायोजित किया जा सकता है; तीस्ता छात्रावास में 22 व्यक्ति रह सकते हैं और इसमें भोजन कक्ष, रसोई, जिम, चिकित्सक भी उपलब्ध हैं; भागीरथी गेस्ट हाउस में रसोई और डाइनिंग हॉल के साथ एक वीवीआईपी सूट, वीआईपी कमरे और 10 व्यक्तियों के लिए मानक कमरे हैं।